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另辟蹊徑！微生物研究新辦法

      有名戰地記者，羅伯特卡帕曾經說“你拍的不夠好，是因為你靠的不夠近”，一語道出戰地人像攝影的真諦：所有的不**，都是因為你做的還不夠好。這樣的道理同樣適用于科研領域。近年來，人類腸道菌群方面的研究一直是持續的熱點，特別是通過宏基因組測序等手段，人們對腸道微生物，進行了各種各樣的研究和描述。

                               


      目前，人們已知腸道菌群是非常復雜并高度特異的，正常人的腸道中一般包括100-1000種微生物，各種微生物的種類和豐度和人們的健康是緊密相關的。然而，這些研究往往都是基于高通量測序技術對腸道菌進行的宏觀描述，鮮有研究去深入調查各種**的表型或功能。甚至大多數科研工作者都抱著相同的看法：絕大多數的腸道微生物是不可培養的，能夠在體外培養的腸道物，所占比例僅為1-5%。然而，事實真的是這樣嗎？
      近期，發表在自然雜志上的文章Culturing of ‘unculturable’ human microbiota reveals novel taxa andextensive sporulation一舉顛覆了這一觀點，并向廣大的科研工作者提供了一種現實可行的腸道基因組研究辦法。

                                        


      在該項研究中，研究者找到了一種新的腸道微生物培養辦法，在厭氧環境下，通過一種含有YCFA的培養基即可在體外大量培養腸道微生物。研究人員采集了6例正常人糞便，在分離到腸道微生物后，將樣品一分為二，一部分用于體外培養，另一部分用于宏基因組測序。體外培養的微生物在菌落形成后也進行高通量測序，*終的結果顯示，糞便來源的腸道微生物宏基因組測序結果和培養后的腸道微生物測序結果具有高度的一致性，在6例樣本中有多達93%的原始讀長（raw reads）是一致的，經過拼裝后（de novo assembly）的一致性依然高達72%。這向我們提示，大多數的腸道微生物其實是可培養的。另外，研究人員在培養中還發現了137種全新的微生物種類，并在體外將其單獨培養，純化。
      該項研究通過將高通量的測序技術和傳統的微生物培養方法結合起來，向人們提供了一種可行，嚴密的技術手段，研究人員通過體外培養，條件干涉等手段，即可對腸道微生物進行種群，豐度及功能方面的深入研究。同樣，這一方法也適用于環境微生物研究等研究領域。

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